AECEMCO se rige por el sistema de autogobierno y los principios de representación y funcionamiento democrático a través de los siguientes órganos:
Es el órgano máximo de participación y representación democrática de AECEMCO. Está compuesta por representantes de todos los Centros Especiales de Empleo y entidades miembros de COCEMFE asociados y se reúne al menos, una vez al año con carácter ordinario.
Elegida por la Asamblea, es el órgano ejecutivo que dirige y aplica las líneas generales de actuación de AECEMCO, previamente aprobadas por la Asamblea. Está compuesta por Presidencia, Vicepresidencia, Secretario, Tesorero y un máximo de cuatro vocales.
PRESIDENTE
D. IGNACIO RODRIGUEZ SAEZ
VICEPRESIDENTA
Dª MARINA LADRERO PABLO
JUNTA DIRECTIVA
D. PEDRO SÁEZ CRUZ (SECRETARIO)
D. JOSÉ PÉREZ PLANO (TESORERO)
Dª. MARGARITA SÁNCHEZ RUIZ (VOCAL)
D. JESUS GUMIEL BARRAGÁN (VOCAL)
D. FRANCISCO MÁRQUEZ LIÑAN (VOCAL)
D. FIDEL FERNÁNDEZ SANTIAGO (VOCAL)
D. DANIEL CARRIÓN FERNÁNDEZ (VOCAL)